肃北县是甘肃省唯一的以蒙古族为主体的少数民族自治县。因地处甘肃北部，故名。1937年设立马鬃山设治局（县级），次年改为肃北设治局。1950年7月29日建立肃北自治区（县级），1953年改肃北蒙古族自治区（县级），1955年改为肃北蒙古族自治县。
1996年，肃北蒙古族自治县面积6.6万平方千米，人口1.1万人，其中蒙古族占37.5%。辖2个镇、6个乡：党城湾镇、马鬃山镇、石包城乡、盐池湾乡、别盖乡、党城乡、鱼儿红乡、明水乡。县政府驻党城湾镇。
？年，撤销明水乡，并入马鬃山镇。调整后，全县辖2个镇、5个乡：党城湾镇、马鬃山镇、党城乡、别盖乡、石包城乡、盐池湾乡、鱼儿红乡。
2000年第五次人口普查，全县常住总人口13046人，其中，党城湾镇4573人，马鬃山镇2789人，党城乡2752人，别盖乡696人，石包城乡1035人，盐池湾乡515人，鱼儿红乡248人，鱼儿红牧场438人。
2002年？，全县总人口1.1万人，其中蒙古族4200人，占38%。辖2个镇、5个乡，共有25个行政村，其中牧业村19个、农业村6个。县城有3个居委会。？年，撤销党城乡，并入党城湾镇。2006年，将2镇4乡撤并为3个乡镇：撤销盐池湾乡、别盖乡，并入党城湾镇；撤销鱼儿红乡，并入石包城乡。
2008年末，全县面积66748平方千米，辖3个乡镇，26个行政村，31个村民小组。农业人口0.18万户0.57万人。
2010年第六次人口普查，肃北蒙古族自治县常住总人口14979人，其中，党城湾镇9792人，马鬃山镇3610人，石包城乡1577人。
2013年，恢复盐池湾乡。
