卓尼，系藏语，意为松树。1939年设卓尼设治局，1950年改卓尼自治区，1955年改为卓尼县。1958年并入临潭县，1961年复置卓尼县。
1983年下半年，改公社为乡，生产大队改村委会，生产队改村民小组。1983年12月30日，省政府批准撤销城关乡，设立城关镇。1985年1月，新堡乡更名为藏巴哇乡。1986年5月10日，城关镇更名为柳林镇；10月25日，增设勺哇土族乡。县辖乡镇增为17个。
1996年，卓尼县面积5419.7平方千米，人口9.5万人，其中藏族占58%。辖1个镇、15个乡、1个民族乡：柳林镇、木耳乡、纳浪乡、洮砚乡、藏巴哇乡、柏林乡、卡车乡、大族乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、勺哇土族乡、阿子滩乡、完冒乡、扎古录乡、刀告乡、尼巴乡。县政府驻柳林镇。
2000年第五次人口普查，卓尼县常住总人口95659人，其中，柳林镇14403人，纳浪乡7165人，木耳乡8952人，大族乡5570人，卡车乡4635人，扎古录乡6032人，刀告乡4419人，尼巴乡4390人，完冒乡3450人，阿子滩乡6779人，申藏乡7660人，恰盖乡3154人，康多乡2268人，勺哇土族乡1726人，洮砚乡6974人，柏林乡3653人，藏巴畦乡4426人。
2002年6月25日，甘肃省民政厅甘民区复字[2002]21号批复：撤销扎古录乡、木耳乡，设立扎古录镇、木耳镇。调整后，全县辖3个镇、13个乡、1个民族乡：柳林镇、木耳镇、扎古录镇、纳浪乡、大族乡、卡车乡、刀告乡、尼巴乡、完冒乡、阿子滩乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、勺哇土族乡、洮砚乡、柏林乡、藏巴哇乡。2005年12月13日，甘肃省民政厅甘民区复[2005]59号批复：撤销柏林乡、大族乡，分别并入藏巴哇乡、卡车乡；卡车乡更名为喀尔钦乡。
2005年末，卓尼县辖3个镇、11个乡、1个民族乡：柳林镇、扎古录镇、木耳镇、尼巴乡、刀告乡、喀尔钦乡、完昌乡、阿子塘乡、申藏乡、恰盖乡、唐多乡、藏巴哇乡、洮砚乡、纳浪乡以及勺哇土族乡。共有3个居委会、98个村委会、465个村民小组，20127户100632人，5694平方千米。
2008年末，全县面积5694平方千米，农业人口1.75万户8.70万人。辖3个镇、11个乡、1个民族乡：柳林镇、木耳镇、扎古录镇、纳浪乡、喀尔钦乡、刀告乡、尼巴乡、完冒乡、阿子滩乡、申藏乡、恰盖乡、康多乡、勺哇土族乡、洮砚乡、藏巴哇乡，97个行政村，469个村民小组。
2010年第六次人口普查，卓尼县常住总人口100522人，其中，柳林镇17731人，木耳镇9430人，扎古录镇6369人，纳浪乡7275人，喀尔钦乡10297人，刀告乡4813人，尼巴乡5251人，完冒乡3804人，阿子塘乡6881人，申藏乡7770人，恰盖乡3353人，康多乡2348人，勺哇土族乡1808人，洮砚乡5329人，藏巴哇乡8063人。
