古为羌地。北魏为鄯州西部县属地。隋为鄯州湟水县属地。唐为鄯州鄯城县地。宋置震武郡。元为吐蕃等处宣尉使都元帅府辖区。明隶西宁卫。清置大通卫，隶西宁府。民国十八年（1929年）设源县。1953年改设源回族自治区，1955年改为门源回族自治县。
门源回族自治县面积0.7万平方千米，人口13.9万人（根据《政区大典》整理，1996年左右资料），回族占总人口的38％。辖2镇、13乡（其中1个民族乡）：浩门镇、青石咀镇、皇城蒙古族乡、苏吉滩乡、大滩乡、北山乡、西滩乡、旱台乡、泉沟台乡、麻莲乡、阴田乡、东川乡、克图乡、仙米乡、珠固乡。县政府驻浩门镇。
1999年末，门源回族自治县面积5813平方千米，人口145613人（根据青海省志），辖2个镇、12个乡（其中1个民族乡）。
2000年第五次人口普查，门源回族自治县总人口141426人，其中：浩门镇27739人，青石咀镇20747人，皇城蒙古族乡1786人，苏吉滩乡2225人，大滩乡9642人，北山乡7070人，西滩乡9705人，旱台乡9610人，泉沟台乡8148人，麻莲乡6828人，阴田乡7684人，东川乡9917人，克图乡9072人，仙米乡6072人，珠固乡5181人。
2001年3月5日，青海省政府青政函[2001]15号文批复：撤销东川、克图2乡，合并设立东川镇；撤销旱台、泉沟台2乡，合并设立并命名为泉口镇（镇政府驻地设在原旱台乡）；撤销大滩乡，并入青石嘴镇。调整后，全县辖4个镇、8个乡（其中1个民族乡）：浩门镇、青石咀（嘴）镇、泉口镇、东川镇、北山乡、麻莲乡、西滩乡、阴田乡、仙米乡、珠固乡、苏吉滩乡、皇城蒙古族乡。
