古为羌地，魏晋南北朝时属苏毗女国，元隶吐蕃等路宣慰使司，明属朵甘思宣慰使、和硕特蒙古政权，清隶“钦差总理青海蒙古番子事务大臣衙门”，民国初属青海办事长官和西宁镇总兵管辖，民国六年（1917年）归玉树理事辖，民国十八年（1929年）改隶玉树县，1953年由玉树县、囊谦县析置中格县，同年改杂曲县、扎朵县，1954年定名为杂多县，隶玉树藏族自治区（州）。
1999年末，面积34557平方千米，人口34898人（根据青海省志），辖8个乡。县政府驻萨呼腾（在结扎乡境内）。
2000年第五次人口普查，全县总人口38654人，其中：结扎乡4334人，昂赛乡3323人，结多乡4180人，阿多乡3857人，苏鲁乡3889人，旦荣乡3448人，扎青乡4723人，莫云乡2904人，萨呼腾未批镇7996人。
2001年10月15日，青海省人民政府青政函[2001]99号文批复：撤销结扎乡，设立萨呼腾镇（镇政府驻地迁至县政府驻地萨呼腾）；撤销旦荣、查当两乡，合并设立查旦乡（乡政府驻地设在原旦荣乡址）。
2001年末，杂多县辖1个镇、7个乡：萨呼腾镇、昂赛乡、结多乡、阿多乡、苏鲁乡、查旦乡、莫云乡、扎青乡，共有31个牧委会。萨呼腾镇驻萨呼腾，辖红旗、多那、扎沟、沙青4个牧委会。昴赛乡驻跃尼嗄，辖热青、尕都、苏浇3个牧委会。扎青乡驻沙日塘，辖战斗、红色、格赛、地青4个牧委会。苏鲁乡驻普赛玛，辖山荣、新荣、多晓3个牧委会。阿多乡驻沙贝吾棵，辖结乃、岁迦、双河、普克4个牧委会。查旦乡驻油龙达，辖跃尼、祁荣、巴青、达谷4个牧委会。莫云乡驻帮固行达，辖达英、巴阳、格云、结绕4个牧委会。结多乡驻查曲木高，辖巴麻、优多、优美、藏尕、达柯5个牧委会。
