魏晋前为羌地。后属多弥国、苏毗国，唐属吐蕃政权辖地，南宋属囊谦部落头人管辖直至清。民国初，隶青海办事长官及甘边宁海镇守使，民国六年（1917年）归玉树理事辖，民国十八年（1929年）归玉树县辖，民国廿二年（1933年）置囊谦县。1951年沿旧制成立囊谦县政府，隶玉树藏族自治区（州）。
1999年末，面积11433平方千米，人口59066人（根据青海省志），辖10个乡。县政府驻香达乡。
2000年第五次人口普查，囊谦县总人口57387人，其中：香达乡8344人，白扎乡7536人，娘拉乡3117人，毛庄乡3327人，觉拉乡4764人，东坝乡4959人，吉曲乡6404人，尕羊乡2886人，吉尼赛乡4221人，着晓乡5353人，香达未批镇6476人。
2001年10月15日，青海省政府青政函[2001]99号文批复：撤销香达乡，设立香达镇。调整后，囊谦县辖1个镇、9个乡：香达镇、白扎乡、娘拉乡、毛庄乡、觉拉乡、东坝乡、吉曲乡、尕羊乡、吉尼赛乡、着晓乡。
2001年末，囊谦县辖1个镇、9个乡，共有69个村（牧）委会。香达镇驻香达，辖坎达、青土、大桥、江卡、冷日、多昌、前多、巴米、拉宗、前麦、东才西、香达12个村（牧）委会。娘拉乡驻娘贡，辖多伦多、娘多、娘麦、上拉、下拉5个村（牧）委会。毛庄乡驻扎西塘，辖孜多、孜麦、麻永、色吾、孜荣5个村（牧）委会。觉拉乡驻那索尼，辖那索尼、布拉、交江尼、卡荣尼、四红、肖尚、尕少7个村（牧）委会。着晓乡驻巴尕，辖班多、查哈、优永、尖作、交西、巴尕6个村（牧）委会。东坝乡驻芦沟卡，辖吉赛、过永、尤达、尕麦、热拉5个村（牧）委会。吉尼赛乡驻萨仓塘，辖麦曲、瓦作、吉来、拉翁4个村（牧）委会。m扎乡驻卡麻，辖东帕、吉沙、东日、叶巴、潘红、生达、查秀、卡那、m扎、巴买10个村（牧）委会。吉曲乡驻外户卡，辖巴沙、加麻、外户卡、多改、瓦卡、桑涌、热买、热多、改多、瓦堡、瓦江11个村（牧）委会。尕涌乡驻茶塘，辖麦多、麦买、色青、茶塘4个村（牧）委会。
