因县城选定在原英吉沙县六区阿克托巴什，由此得名。但正式定名为阿克陶。阿克托，维吾尔语意为“白旗”，古代居民在村落附近有插挂白旗习俗而得名。现阿克陶通常按柯尔克孜语解释为“白山”，因境有白色雪峰得名。
西汉神爵二年（公元前60年），汉王朝设西域都护府，阿克陶属其管辖，清代属英吉沙尔直隶厅。《乡土志》称阿克托八栅，《新疆图志》作阿克土，为英吉沙尔北乡回庄。1954年由英吉沙县、疏附县、乌恰县、塔什库尔干塔吉克自治县部分区乡析建阿克陶县。
1984年置阿克陶镇。
1997年，阿克陶县辖2个镇、11个乡：阿克陶镇、奥依塔克镇、玉麦乡、皮拉勒乡、巴仁乡、加马铁热克乡、喀热开其克乡、布伦口乡、木吉乡、克孜勒陶乡、恰尔隆乡、库斯拉甫乡、塔尔塔吉克族乡。县政府驻阿克陶镇。
2000年第五次人口普查，阿克陶县常住总人口163024人，其中：阿克陶镇25711人、奥依塔克镇4315人、玉麦乡22062人、皮拉力乡34498人、巴仁乡25103人、喀热开其克乡4259人、加马铁力克乡 9591人、木吉乡3283人、布仑口乡5490人、克孜勒陶乡7427人、恰尔隆乡4089人、库斯拉甫乡2997人、塔尔乡3159人、多来提布拉克种羊场5171人、阿克达拉牧场2452人、原种场515人、托尔塔依农场2902人。
2003年，全县总面积24555.06平方千米，总人口172031人。辖2镇、11乡：阿克陶镇、奥依塔克镇，玉麦乡、皮拉勒乡、巴仁乡、加马铁热克乡、喀热开其克乡、布伦口乡、木吉乡、克孜勒陶乡、恰尔隆乡、库斯拉甫乡和塔尔塔吉克族乡。县政府驻阿克陶镇。
2010年第六次人口普查，阿克陶县常住总人口199065人，其中：阿克陶镇36270人，奥依塔克镇4520人，玉麦乡25832人，皮拉力乡43228人，巴仁乡32909人，喀热克其克乡5299人，加马铁力克乡10311人，木吉乡3892人，布伦口乡6922人，克孜勒陶乡9259人，恰尔隆乡4823人，库斯拉甫乡3542人，塔尔乡5059人，托尔塔依农场3827人，阿克达拉牧场2527人，原种场602人，克孜勒苏柯尔克孜自治州林场36人，苗圃207人。
