1938年置设置局，1944年改县。阿合奇，系柯尔克孜语，意为白芨芨草，过去有大面积的芨芨滩，故名。汉代先后属西域都护府和西域长史府，隋唐并入疏勒地，唐置尉头州，宋仍称疏勒，元、明两代属别失八里的西境，后曾一度并于准噶尔，地名图尔满。
清乾隆二十四年（1759）为乌叶办事大臣所辖。光绪九年（1883年）置乌什直隶厅，隶属阿克苏道。民国二年（1913年）乌什直隶厅改称乌什县，阿合奇（当时称阔克夏勒，柯语含义为荒凉边远之地）仍归乌什县管辖。
1940年从乌什县析置阿合奇设治局，因治所在阿合奇（今哈拉奇乡阿合奇村），故名。1941年治所由阿合奇东迁到吾曲（旧刊新疆舆图乌什厅图作巫区），即今阿合奇县城。1944年升为县，属阿克苏专区。1954年划入新成立的克孜勒苏柯尔克孜自治州。
1997年，阿合奇县辖1个镇、5个乡：阿合奇镇、色帕巴依乡、库兰萨日克乡、苏木塔什乡、哈拉奇乡、哈拉布拉克乡。县政府驻阿合奇镇。
2000年第五次人口普查，阿合奇县常住总人口34317人，其中：阿合奇镇9833人、库兰萨日克乡2850人、色帕巴依乡3678人、苏木塔什乡3918人、哈拉奇乡7203人、哈拉布拉克乡6835人。
< p>2003年，全县总面积11545.38平方千米，总人口35410人。辖1镇5乡：阿合奇镇、库兰萨日克乡、色帕巴依乡、苏木塔什乡、哈拉奇乡、哈拉布拉克乡。
2010年第六次人口普查，阿合奇县常住总人口38876人，其中：阿合奇镇11910人，库兰萨日克乡4498人，色帕巴依乡3004人，苏木塔什乡4093人，哈拉奇乡8010人，哈拉布拉克乡7361人。
