1959年，新疆维吾尔自治区辖7专区、5自治州、1省辖市，3市、73县、6自治县、5市辖区。
县级以上行政区划一览
乌鲁木齐市5区、1县
天山区沙依巴克区新市区水磨沟区
头屯河区
乌鲁木齐县（乌鲁木齐市）
自治区直辖单位
克拉玛依市
吐鲁番县（吐鲁番镇）鄯善县（鄯善镇）托克逊县（托克逊镇）
哈密专区专署驻哈密县2县、1自治县
哈密县（哈密镇）伊吾县（城区）
巴里坤哈萨克族自治县（巴里坤镇）
库尔勒专区专署驻库尔勒县5县
库尔勒县（库尔勒镇）尉犁县（尉犁镇）轮台县（轮台镇）若羌县（城区）
且末县（城区）
喀什专区专署驻喀什市1市、10县、1自治县
喀什市
疏附县（疏附镇）疏勒县（疏勒镇）巴楚县（城区）英吉沙县（英吉沙镇）
岳普湖县（城区）伽师县（城区）莎车县（莎车镇）麦盖提县（城区）
泽普县（泽普镇）叶城县（叶城镇）塔什库尔干塔吉克自治县（城区）
和田专区专署驻和田县7县
和田县（和田镇）策勤县（策勤镇）皮山县（城区）民丰县（城区）
洛浦县（城区）于田县（城区）墨玉县（城区）
阿克苏专区专署驻阿克苏县8县
阿克苏县（阿克苏镇）库车县（库车镇）沙雅县（沙雅镇）乌什县（乌什镇）
新和县（新和镇）阿瓦提县（阿瓦提镇）柯坪县（城区）拜城县（拜城镇）
克孜勒苏柯尔克孜自治州驻阿图什县4县
阿图什县（阿图什镇）乌恰县（城区）阿合奇县（城区）阿克陶县（城区）
昌吉回族自治州驻昌吉县7县、1自治县
昌吉县（昌吉镇）米泉县（城区）阜康县（城区）奇台县（奇台镇）
呼图壁县（呼图壁镇）吉木萨尔县（吉木萨尔镇）玛纳斯县（玛纳斯镇）
木垒河哈萨克自治县（木垒镇）
巴音郭楞蒙古自治州驻焉耆回族自治县2县、1自治县
和靖县（和靖镇）和硕县（城区）
焉耆回族自治县（焉耆镇）
伊犁哈萨克自治州驻伊宁市
★自治州直辖单位1市、8县、1自治县
伊宁市
伊宁县（吉里圩孜镇）特克斯县（城区）绥定县（绥定镇）昭苏县（城区）
新源县（城区）巩留县（巩留镇）霍城县（霍城镇）尼勒克县（城区）
察布查尔锡伯族自治县（察布查尔镇）
★塔城专区专署驻塔城县6县、1自治县
塔城县（塔城镇）沙湾县（三道湾子镇）额敏县（额敏镇）乌苏县（乌苏镇）
裕民县（城区）托里县（城区）和布克赛尔蒙古自治县（城区）
★阿勒泰专区专署驻阿勒泰县7县
阿勒泰县（阿勒泰镇）福海县（城区）吉木乃县（城区）青河县（城区）
哈巴河县（城区）富蕴县（城区）布尔津县（城区）
★博尔塔拉蒙古自治州驻博乐县3县
博乐县（城区）精河县（城区）温泉县（城区）
县级以上行政区划变更情况
◎撤销博乐县县级行政机构，仍保留博乐县名义，由自治州直接领导博乐县的区和乡（国务院1959年1月16日批准）
★S羌县改名为若羌县，于阗县改名为玉田县，和阗县改名为和田县，和阗专员公署更名为和田专员公署。（1959年6月16日国务院批复）
★将原于阗县改名为于田县，不改为玉田县。（1959年8月3日国务院批复）
★将乌鲁木齐县现划归乌鲁木齐市领导，仍保留县的建制。（1959年11月9日国务院批复）
◎设立乌鲁木齐市天山区、沙依巴克区、新市区、水磨沟区、头屯河区（国务院1959年批准）
◎富蕴县驻地由可可托海迁至额尔齐斯镇。
◎裕民县驻地由察汗托海迁至哈拉哈布。
