1999年，云南省辖5地区、3省辖市、8自治州，12市、80县、29自治县、7市辖区。
县级以上行政区划一览
昆明市5区、1市、6县、3自治县
盘龙区五华区官渡区西山区东川区
安宁市
富民县(永定镇)嵩明县(嵩阳镇)呈贡县(龙城镇)晋宁县(昆阳镇)宜良县(匡远镇)
禄劝彝族苗族自治县(屏山镇)石林彝族自治县(鹿阜镇)寻甸彝族回族自治县(仁德镇)
曲靖市1区、1市、7县
麒麟区
宣威市
陆良县(中枢镇)会泽县(钟屏镇)富源县(中安镇)罗平县(罗雄镇)马龙县(通泉镇)
师宗县(丹凤镇)沾益县(西平镇)
玉溪市1区、5县、3自治县
红塔区
华宁县(宁州镇)澄江县(凤麓镇)易门县(龙泉镇)通海县(秀山镇)江川县(大街镇)
元江哈尼族彝族傣族自治县(澧江镇)新平彝族傣族自治县(桂山镇)峨山彝族自治县(双江镇)
昭通地区驻昭通市1市、10县
昭通市
永善县(景新镇)绥江县(中城镇)镇雄县(乌峰镇)大关县(翠华镇)盐津县(盐井镇)
巧家县(新华镇)彝良县(角奎镇)威信县(扎西镇)水富县(云富镇)鲁甸县(文屏镇)
思茅地区驻思茅市1市、9自治县
思茅市
镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县(恩乐镇)普洱哈尼族彝族自治县(宁洱镇)景东彝族自治县(锦屏镇)
景谷傣族彝族自治县(威远镇)墨江哈尼族自治县(玖联镇)澜沧拉祜族自治县(勐朗镇)
孟连傣族拉祜族佤族自治县(孟连镇)江城哈尼族彝族自治县(勐烈镇)西盟山佤族自治县(勐梭乡)
临沧地区驻临沧县5县、3自治县
临沧县(凤翔镇)镇康县(凤尾镇)凤庆县(凤山镇)云县(爱华镇)永德县(德党镇)
沧源佤族自治县(勐董镇)耿马傣族佤族自治县(耿宣镇)
双江拉祜族佤族布朗族傣族自治县(勐勐镇)
保山地区驻保山市1市、4县
保山市
施甸县(甸阳镇)腾冲县(城关镇)龙陵县(龙山镇)昌宁县(右甸镇)
丽江地区驻丽江纳西族自治县2县、2自治县
华坪县(中心镇)永胜县(永北镇)
丽江纳西族自治县(大研镇)宁蒗彝族自治县(大兴镇)
文山壮族自治州驻文山县8县
文山县(开化镇)麻粟坡县(麻粟镇)砚山县(江那镇)广南县(莲城镇)马关县(马白镇)
富宁县(新华镇)西畴县(西洒镇)丘北县(锦屏镇)
红河哈尼族自治州驻个旧市2市、8县、3自治县
个旧市开远市
弥勒县(弥阳镇)红河县(迤萨镇)绿春县(大兴镇)蒙自县(文澜镇)泸西县(中枢镇)
建水县(临安镇)元阳县(南沙镇)石屏县(异龙镇)金平苗族瑶族傣族自治县(金河镇)
河口瑶族自治县(河口镇)屏边苗族自治县(玉屏镇)
西双版纳傣族自治州驻景洪市1市、2县
景洪市
勐海县(象山镇)勐腊县(勐腊镇)
楚雄彝族自治州驻楚雄市1市、9县
楚雄市
元谋县(元马镇)南华县(龙川镇)牟定县(共和镇)武定县(近城镇)大姚县(金碧镇)
双柏县(妥甸镇)禄丰县(金山镇)永仁县(永定镇)姚安县(栋川镇)
大理白族自治州驻大理市1市、9县、2自治县
大理市
剑川县(金华镇)弥渡县(弥城镇)云龙县(石门镇)洱源县(玉湖镇)鹤庆县(云鹤镇)
祥云县(祥城镇)宾川县(牛井镇)永平县(老街镇)漾濞彝族自治县(上街镇)
巍山彝族回族自治县(文华镇)南涧彝族自治县(南涧镇)
德宏傣族景颇族自治州驻潞西市2市、3县
潞西市瑞丽市
盈江县(平原镇)梁河县(遮岛镇)陇川县(章凤镇)
怒江傈僳族自治州驻泸水县六库2县、2自治县
泸水县(鲁掌镇)福贡县(上帕镇)
兰坪白族傈僳族自治县(金顶镇)贡山独龙族怒族自治县(茨开镇)
迪庆藏族自治州驻中甸县2县、1自治县
中甸县(建塘镇)德钦县(升平镇)维西傈僳族自治县(保和镇)
县级以上行政区划变更情况
★同意撤销县级畹町市，将其管辖的城关镇、混板乡和芒棒乡划归瑞丽市管辖。（1999年1月2日国务院【国函1号】批复）
