南朝梁大同六年（540年）置龙溪县。唐开元二十九年（741年）置漳州，贞元二年（786年）州治迁至龙溪县。1951年6月，析龙溪县城关设漳州市（县级），属龙溪专区。1961年6月，龙海县天宝、浦南2个公社，九湖公社上墩、林内、前山3个生产大队，步文公社店上生产大队，以及后房农场，归划漳州市管辖。
1985年5月改县级漳州市为芗城区。1986年，芗城区分为市区、郊区2部分。市区设东铺头、西桥、新桥、巷口、南坑5个街道，共辖48个居委会。郊区设浦南、天宝2个镇及芝山、石亭2个乡，共辖82个村、2个居委会。
1988年，市区增设湖内、南丰、东湖、东岳、南坑北5个居委会，新桥街道船民委员会改称九龙居委会；郊区浦南镇增设松州村。1990年，市区南坑街道增设洋筠居委会。1990年底，芗城区辖东铺头、西桥、新桥、巷口、南坑5个街道，浦南、天宝2个镇和芝山、石亭2个乡，共有56个居委会、83个村。
1996年5月31日，国务院批准（国函[1996]38号）：将漳州市芗城区芝山镇的古塘、群勇、市尾、塔后、土白、下洲6个村委会，南坑街道办事处的东岳、岳北、漳糖、东关、南坑、洋筠6个居委会和洋筠村委会，巷口街道办事处的岳口、胜利东、东园、新民、巷口、新港、霞浦、霞东8个居委会和元光路以东属新华东居委会的部分划归龙文区管辖。【注：实际只有土白、下洲2个村委会划入龙文区】
1998年7月，省民政厅批准同意增设通北街道（1999年元月成立），从东铺头街道划出湖内、芝山、北塔、和平里、宝珠园5个居委会，南坑街道划出通北、延安北、北庙、风高、团结、漳华、金源7个居委会，芝山镇划出西洋坪、大同2个村委会归通北街道管辖。同时调整东铺头街道、新桥街道、南坑街道、西桥街道、芝山镇和石亭镇的行政区域：从芝山镇划出瑞京村委会归东铺头街道管辖；从芝山镇划出前峰、诗浦2个村委会归新桥街道管辖；从芝山镇划出岱山、农友2个村委会，从石亭镇划出坑头村委会、从东埔头划出建筑居委会归南坑街道管辖；从新桥街道划出钟芬、桥南2个居委会，从芝山镇划出南星村归西桥街道管辖。1998年末，全区面积265平方千米。总人口37.54万人，其中非农业人口22.20万人。辖6个街道、4个镇，65个居委会、81个村委会，区内有1个工业区、4个国营农场。
2000年第五次人口普查，芗城区常住总人口433194人，其中：东铺头街道43885人、西桥街道32048人、新桥街道40147人、巷口街道58730人、南坑街道64759人、通北街道50245人、浦南镇29526人、天宝镇45683人、芝山镇27657人、石亭镇40514人。
2010年第六次人口普查，芗城区常住总人口538186人，其中：东铺头街道62065人，西桥街道23636人，新桥街道59476人，巷口街道76244人，南坑街道80992人，通北街道66698人，浦南镇25605人，天宝镇43309人，芝山镇42260人，石亭镇53341人，芗城区奶牛场41人，后房农场1609人，天宝林场99人，大房农场2006人，五峰农场805人。
