鹿城旧属永嘉县地，相传东晋太宁元年（323年）置永嘉郡筑城时有白鹿御花之瑞，故名。为历代郡、州、专区、县治所在地。建国后，成立温州市。1981年地市合并，原市区改设区，名温州市城区。1984年更名为鹿城区。
1996年，全区面积88.3平方千米，人口47.7万人。辖16个街道1镇4乡：大南街道、小南街道、广化街道、五马街道、水心街道、东风街道、市中街道、西山街道、松台街道、洪殿街道、莲池街道、海坛街道、朔门街道、鼓楼街道、蒲鞋市街道、上陡门街道、双屿镇、仰义乡、南郊乡、城郊乡、黎明乡。区政府驻鼓楼街道。1998年，鹿城区总面积104平方千米。总人口50.26万人。辖17个街道、1个镇、4个乡及江心屿办事处。
2000年第五次人口普查，鹿城区总人口875006人，其中（17街道1镇3乡）：鼓楼街道17146人，洪殿街道47615人，东风街道28894人，海坛街道22868人，朔门街道22441人，五马街道23032人，蒲鞋市街道52930人，大南街道21327人，小南街道56320人，松台街道17048人，市中街道21714人，西山街道18949人，莲池街道27167人，广化街道78354人，水心街道48348人，南浦街道71881人，上陡门街道36638人，双屿镇120372人，黎明乡73205人，南郊乡45352人，仰义乡23405人。
2001年7月7日，国务院（国函[2001]84号）批准，将瓯海区的藤桥镇、上戍乡、临江镇、双潮乡、岙底乡和梧埏镇的划龙桥村、上田村、鱼鳞浃村、前网村划归鹿城区管辖；将龙湾区蒲州镇的蒲州村和上蒲州村划归鹿城区管辖；将永嘉县的七都镇和桥下镇的中央涂居委会划归鹿城区管辖。调整后，全区面积从104平方千米增到294.38平方千米，人口从51.68万增到60.03万。
2002年，全区辖12个街道、4个镇、5个乡，151个社区、146个行政村。2005年末，鹿城区面积294.38平方千米，人口67.33万人。辖12个街道、4个镇、5个乡：五马街道、莲池街道、水心街道、南门街道、江滨街道、蒲鞋市街道、洪殿街道、广化街道、南浦街道、黎明街道、绣山街道、黄龙街道、双屿镇、七都镇、藤桥镇、临江镇、仰义乡、南郊乡、双潮乡、上戍乡、岙底乡。
2006年末，鹿城区辖12个街道、4个镇、5个乡，160个社区、144个行政村。区政府驻广场路188号。2008年，全区面积294.38平方千米，总人口69.98万人，其中非农人口53.34万人，辖12个街道、4个镇、5个乡，161个社区、143个行政村（一说165个社区、142个行政村）。
2011年，根据《浙江省人民政府关于温州市鹿城区部分行政区划调整的批复》（浙政函[2011]31号）精神，鹿城区行政区划作如下调整：一、撤销临江镇、上戍乡、岙底乡、双潮乡建制，其行政区域并入藤桥镇。调整后，藤桥镇辖1个社区、87个行政村，镇政府驻藤桥南街183号。二、撤销七都镇建制，在原七都镇行政区域内设立七都街道办事处。七都街道办事处辖6个行政村。街道办事处驻老涂南路2—3号。三、撤销南郊乡建制，在原南郊乡行政区域内设立南郊街道办事处。南郊街道办事处辖3个社区、5个行政村。街道办事处驻牛山北路27号。四、撤销双屿镇建制，在原双屿镇行政区域内设立双屿街道办事处。双屿街道办事处辖4个社区、9个行政村。街道办事处驻温金路138号。五、撤销仰义乡建制，在原仰义乡行政区域内设立仰义街道办事处。仰义街道办事处辖1个社区、12个行政村。街道办事处驻澄沙桥路150号。调整后，鹿城区辖黎明、绣山、蒲鞋市、洪殿、南浦、江滨、南门、五马、莲池、水心、广化、黄龙、七都、南郊、双屿、仰义等16个街道办事处和藤桥镇1个镇。
2011年10月12日，《温州市人民政府关于鹿城区部分行政区划调整的批复》（温政函[2011]220号）同意鹿城区街道行政区划调整如下：一、撤销南门街道、江滨街道建制，将其行政区域划入五马街道。调整后，五马街道辖57个社区。街道办事处驻万岁里公寓1幢。二、撤销莲池街道、水心街道、广化街道建制，其行政区域合并设立松台街道。调整后，松台街道辖35个社区、3个行政村。街道办事处驻新桥头住宅区美组团16幢。三、撤销洪殿街道、蒲鞋市街道、黎明街道建制，其行政区域合并设立滨江街道。调整后，滨江街道辖34个社区、6个行政村。街道办事处驻学院中路191号。四、撤销绣山街道、南浦街道、南郊街道建制，其行政区域合并设立南汇街道。调整后，南汇街道辖27个社区、14个行政村。街道办事处驻双龙路199号。五、撤销黄龙街道建制，将其行政区域划入双屿街道。调整后，双屿街道辖13个社区、13个行政村。街道办事处驻温金路138号。调整后，鹿城区辖五马、松台、滨江、南汇、双屿、仰义、七都等7个街道办事处和藤桥镇1个镇。
