2006年底，内蒙古自治区辖9个地级市、3个盟，21个市辖区、11个县级市、17个县、49个旗、3个自治旗。
县级以上行政区划一览
呼和浩特市辖4个市辖区、4个县、1个旗
回民区玉泉区新城区
赛罕区
托克托县（双河镇）清水河县（城关镇）武川县（可可以力更镇）
和林格尔县（城关镇）土默特左旗（察素齐镇）
包头市辖6个市辖区、1个县、2个旗
昆都仑区青山区东河区
九原区石拐区白云矿区
固阳县（金山镇）土默特右旗（萨拉齐镇）达尔罕茂明安联合旗（百灵庙镇）
乌海市辖3个市辖区
海勃湾区乌达区海南区
赤峰市辖3个市辖区、2个县、7个旗
红山区元宝山区（平庄镇）松山区
宁城县（天义镇）林西县（林西镇）喀喇沁旗（锦山镇）
巴林左旗（林东镇）敖汉旗（新惠镇）阿鲁科尔沁旗（天山镇）
翁牛特旗（乌丹镇）克什克腾旗（经棚镇）巴林右旗（大板镇）
通辽市辖1个市辖区、1个县、5个旗，代管1个县级市
科尔沁区
霍林郭勒市
开鲁县（开鲁镇）科尔沁左翼中旗（保康镇）科尔沁左翼后旗（甘旗卡镇）
库伦旗（库伦镇）奈曼旗（大沁他拉镇）扎鲁特旗（鲁北镇）
鄂尔多斯市辖1个市辖区、7个旗
东胜区
准格尔旗（薛家湾镇）乌审旗（嘎鲁图镇）伊金霍洛旗（阿勒腾席热镇）
鄂托克旗（乌兰镇）鄂托克前旗（敖勒召其镇）杭锦旗（锡尼镇）
达拉特旗（树林召镇）
呼伦贝尔市辖1个市辖区、4个旗、3个自治旗，代管5个县级市
海拉尔区
满洲里市牙克石市扎兰屯市
根河市额尔古纳市
阿荣旗（那吉镇）新巴尔虎左旗（阿穆古郎镇）新巴尔虎右旗（阿拉坦额莫勒镇）
陈巴尔虎旗（巴彦库仁镇）鄂伦春自治旗（阿里河镇）鄂温克族自治旗（巴彦托海镇）
莫力达瓦达斡尔族自治旗（尼尔基镇）
巴彦淖尔市辖1个市辖区、2个县、4个旗
临河区
五原县（隆兴昌镇）磴口县（巴彦高勒镇）杭锦后旗（陕坝镇）
乌拉特中旗（海流图镇）乌拉特前旗（乌拉山镇）乌拉特后旗（巴音宝力格镇）
乌兰察布市辖1个市辖区、5个县、4个旗，代管1个县级市
集宁区
丰镇市
兴和县（城关镇）卓资县（卓资山镇）商都县（七台镇）
凉城县（岱海镇）化德县（长顺镇）四子王旗（乌兰花镇）
察哈尔右翼前旗（土贵乌拉镇）察哈尔右翼中旗（科布尔镇）察哈尔右翼后旗（白音察干镇）
锡林郭勒盟辖2个县级市、1个县、9个旗，盟公署驻锡林浩特市
锡林浩特市二连浩特市
多伦县（多伦淖尔镇）阿巴嘎旗（别力古台镇）西乌珠穆沁旗（巴拉嘎尔高勒镇）
东乌珠穆沁旗（乌里雅斯太镇）苏尼特左旗（满都拉图镇）苏尼特右旗（赛汉塔拉镇）
太仆寺旗（宝昌镇）正镶白旗（明安图镇）正蓝旗（上都镇）
镶黄旗（新宝拉格镇）
兴安盟辖2个县级市、1个县、3个旗，盟公署驻乌兰浩特市
乌兰浩特市阿尔山市
突泉县（突泉镇）扎赉特旗（音德尔镇）科尔沁右翼前旗（大坝沟镇）
科尔沁右翼中旗（巴彦呼硕镇）
阿拉善盟辖3个旗，盟公署驻阿拉善左旗
阿拉善左旗（巴彦浩特镇）阿拉善右旗（额肯呼都格镇）额济纳旗（达来呼布镇）
县级以上行政区划变更情况
（本年度没有县级以上行政区划变更）
